Les critiques à l’égard du coût élevé du crédit d’impôt recherche (CIR), première niche fiscale et mécanisme d’incitation le plus onéreux des pays de l’OCDE, ne datent pas d’hier. Il a cependant fallu attendre la crise budgétaire actuelle pour qu’une fenêtre s’ouvre en vue d’une réforme du dispositif. Sous pression, le gouvernement est revenu sur son opposition à modifier ce régime, pour financer le rétablissement temporaire du crédit d’impôt innovation (CII) et du statut de jeune entreprise innovante (JEI) qu’il voulait supprimer. Ce changement figurera probablement dans la loi de finances pour 2025, à condition que le gouvernement Barnier résiste au vote du budget.
Le CIR permet aux entreprises de récupérer 30 % de leurs dépenses en recherche et développement (R&D) jusqu’à 100 millions d’euros, puis 5 % sur les sommes additionnelles. Il avait été introduit dans la loi de finances pour 1983 afin d’instaurer un mécanisme d’incitation fiscale en matière de recherche scientifique et technique des entreprises. Si le cadre juridique figurant à l’article 244 quater B du code général des impôts est resté inchangé, le CIR a fait l’objet de réformes successives. La première de 2004 a conduit à un doublement de la créance (885 M€), puis celle de 2008 a amplifié cette progression, en multipliant par cinq le montant des créances, pour atteindre 4 452 M€ dès la première année de la réforme. La créance de CIR a ainsi été multipliée par quinze entre 1994 et 2024. Le nombre de bénéficiaires du crédit d’impôt n’a par ailleurs pas cessé d’augmenter, aboutissant à une dépense fiscale de 7 193 M€ en 2022. Les grandes entreprises sont celles qui ont déclaré le plus de dépenses de R&D (38 % du total des dépenses déclarées) ; leur créance étant cependant équivalente à celle des PME, ces dernières représentant 89 % des bénéficiaires. Telles sont les données issues du rapport de l’Inspection générale des finances (IGF) de mars 2024 « Revue de dépenses : les aides aux entreprises ».
S’il existe un consensus pour maintenir ce dispositif, nombreux sont ceux qui appellent à sa réforme pour le rendre moins onéreux et plus efficace. Une étude de la Direction générale du Trésor de 2021 concluait au faible rendement macroéconomique. En septembre 2022, un rapport du Conseil d’analyse économique avait considéré que le CIR était un dispositif important de soutien à la R&D privée qu’il convient de « pérenniser mais dont la générosité pour les grands groupes détériore l’efficacité. À l’inverse de nos voisins allemands et anglais, ce dispositif bénéficie de manière disproportionnée aux grandes entreprises et n’est pas suffisamment centré sur les petites et moyennes entreprises. Pourtant, ce sont ces entreprises qui sont les plus innovantes et pour lesquelles le rendement du CIR est le plus important. En modulant certains paramètres du CIR tout en gardant son enveloppe constante, ce Focus montre comment l’État peut significativement renforcer l’impact du CIR et l’effet d’entraînement sur l’innovation et la productivité ».
Par ailleurs, les rapports de la Commission nationale d’évaluation des politiques d’innovation (CNEPI) de juin 2021 et celui du Conseil des prélèvements obligatoires (CPO) d’octobre 2021 ont eux aussi confirmé la pertinence du CIR en estimant toutefois que son efficience pourrait être améliorée. S’appuyant notamment sur ces deux rapports, l’IGF a recommandé de revoir l’assiette du dispositif sur les dépenses de R&D, en conformité avec les standards internationaux. Elle proposait ainsi l’exclusion des dépenses liées aux brevets, à la normalisation et à la veille technologique de l’assiette des dépenses éligibles, la révision de certains paramètres de calcul du crédit d’impôt reposant sur des logiques forfaitaires et la bonification pour les jeunes docteurs ; ce qui permettrait de générer environ 400 M€ d’économies.
Malgré toutes ces études, le gouvernement de Michel Barnier n’a pas touché au CIR, dans le budget 2025 présenté le 11 octobre dernier, contrairement au crédit d’impôt innovation (CII) et au statut de jeune entreprise innovante (JEI) qui ont été supprimés. Mais face à la mobilisation parlementaire, du monde de la recherche et de l’écosystème de la French Tech, le gouvernement a finalement cédé en acceptant de réformer le CIR, à la marge toutefois, afin que les 430 millions d’euros d’économies dégagées permettent de prolonger le CII et le JEI.
Du fait du rejet du volet « recettes » du PLF 2025 par les députés (ce qui les empêche de discuter du volet « dépenses »), les sénateurs ont donc travaillé à partir du texte initial, et ont introduit, par voie d’amendement approuvé par le gouvernement, la réforme des modalités du CIR. Le 20 novembre 2024, la commission des affaires économiques du Sénat a adopté les crédits de la mission « Recherche ». L’aménagement de l’assiette se traduit par trois mesures, qui reprennent finalement celles de l’IGF. Il s’agit de la suppression du dispositif « jeunes docteurs », « dont l’application actuelle aboutit à ce que le montant de l’aide versée à l’entreprise dépasse, dans certains cas, le coût supporté par l’entreprise », de l’exclusion de l’assiette du crédit d’impôt des frais liés aux brevets, des dépenses de normalisation et des dépenses de veille technologique, qui ne constituent pas des dépenses de recherche et développement selon la définition retenue par l’OCDE et d’une modification paramétrique du niveau de prise en compte des frais de fonctionnement. Un autre amendement introduit par le Sénat prévoit de faire passer de 10 % à 15 % le taux réduit de taxation des revenus issus de certains actifs de propriété industrielle, de l’exploitation de brevets ou assimilés (IP box).
Le Sénat devrait jouer un rôle particulièrement important cette année, car le texte qui devrait être adopté servira de référence pour les discussions en commission mixte paritaire. Cette fenêtre de réforme du CIR pourrait toutefois vite se refermer, en cas de censure du gouvernement.